Die heutige St. Martins-Kirche ist eine Wandpfeilerkirche mit tiefen Abseiten und einem eingezogenen rundgeschlossenen Chor, d.h. die Last des gewaltigen Dachs wird über die Pfeiler abgeleitet, die Wände sind weniger tief – dadurch konnte Sandstein eingespart werden. Mit Tonnen ist der Raum eingewölbt. Vier Joche gliedern den Raum vor dem Chor, das Joch vor dem Chor wirkt fast wie ein Querschiff.
Der Bau ist charakteristisch für den Jesuitenorden in dieser Zeit, vorbildlich, modern. Beeindruckend ist die Weite des Raums, besonders die Streckung vor dem letzten Joch. Dadurch entsteht der Eindruck eines Querhauses. Neu sind die schmalen Emporenbrücken von Joch zu Joch mit Durchgang, die Turmstellung am Chorscheitel. Die Verdoppelung der Fenster im Chor ist nach jesuitischem Vorbild. Die Raumschale ist überwiegend in abgetöntem Weiß gehalten. Stuckarbeiten finden sich nur an den Kapitellen der Pfeiler und, farbig gefasst, an den Decken der Franz-Xaver- und der Ignatius-Kapelle. Der Boden der Kirche ist belegt mit Sandstein im sog. Rosenspitzenmuster.
Walburga Hepple